گفتنیست دیوان محاسبات کشور در گزارش تفریغ بودجه سال ۱۴۰۲، سازمان بیمه سلامت را به‌عنوان یکی از شش شرکت دولتی زیان‌ده معرفی کرد و زیان آن را ۴۰ هزار و ۶۷۷ میلیارد تومان اعلام کرد. این گزارش که در صحن علنی مجلس شورای اسلامی قرائت شد، مورد اعتراض سازمان بیمه سلامت قرار گرفت و مسئولان این سازمان رقم مذکور را مغایر با مستندات و گزارش‌های رسمی مالی عنوان کردند.