این در حالی است که اجرای طرح اجرای نسخه نویسی الکترونیک به‌جز منافعی که برای شرکت‌های بیمه دارد، به خودی خود معایب بسیار زیادی دارد که حتی با وجود زیرساخت‌های مرتب هم مانع اجرایی جدیست.
یکی از معایب بزرگ این طرح، اختلال در رابطه پزشک با بیمار است. مخصوصا در شرایط فرهنگی کشور ما که بیش از کار تخصصی و تجویز دارو اعتقاد بیماران به دست و نفس پزشک است و همان اعتقاد و اعتماد و توجه پزشک و نشستن پای درد و دل بیمار و گوش سپردن و ارتباط چشمی و عاطفی بسیار در درمان آنان کارساز است. در این طرح این ارتباط کلا به هم می خورد و پزشک بیش از آن که به ارتباط عاطفی با بیمار توجه داشته باشد اجبارا باید متوجه سیستم باشد و بسیاری از پزشکان که در این طرح وارد شده اند این ایراد بیماران را ابراز می کنند که بیمار در پایان اظهار می دارد: "آقای دکتر یا خانم دکتر! شما که این چند دقیقه همش با لپ‌تاپ خودتان بازی می کردید. پس درد من چه شد؟ اصلا به من هم توجه کردید؟ صحبت من را هم شنیدید؟"

یک مشکل مهم، عدم امکان رعایت مسائل اخلاق پزشکی و رازداری بیمار با وجود اجتناب ناپذیر بودن ورود غیر پزشک در پروسه الکترونیکی کردن نسخ در مرحله به مرحله این طرح از مطب پزشک تا داروخانه و مراکز درمانی است. 

و مشکل جدی‌تر، امکان وقوع مشکلات قانونی در تخلفات ارائه کارت ملی فردی بجای فرد دیگر و عدم امکان استحقاق سنجی دقیق است چرا که اولا همه کارت‌های ملی خود را تحویل نگرفته‌اند و آنهایی هم که دارند با عکس‌های قدیمی و غیرهمخوانی با تصویر فعلی بیماران است.
 
از طرفی در حال حاضر و در شرایط کنونی که درگیر شیوع بیماری کرونا هستیم افزایش ماندگاری اجباری بیماران در مراکز درمانی مطبها و  ازدحام جمعیت در داروخانه ها باعث شیوع بیشتر بیماری کرونا خواهد شد.

اجرای این طرح با معایب بسیاری که دارد، هزینه زیادی را نیز به مراکز درمانی و داروخانه ها تحمیل می نماید و مخصوصا در بخش خصوصیِ زیان‌ده، هزینه فایده آن را به حدی می رساند که اغلب ارائه دهندگان به علت هزینه های زیادی که متحمل خواهند شد عطای بیمه را به لقایش خواهند بخشید.
فقط همینقدر کافی است اشاره کنم که هزینه تولید یک نسخه الکترونیک در مطب یک پزشک که روزانه ده بیمار داشته باشد بیش از دو برابر پرداختی حال حاضر بیمه ها برای آن نسخه به پزشک است. 

ضمن این که داروخانه ها و مطب پزشکان و مراکز درمانی در اجرای این طرح مشکلات زیادی دارند. از سویی بیماران و مراجعه کنندگان نیز با مشکلات زیادی مواجه‌اند. چرا که بسیاری از مراجعه‌کنندگان یا بیمه نیستند یا کارت ملی به همراه ندارند و یا اتباع خارجی هستند.

به نظر می‌رسد درحال حاضر، تنها منتفع اجرای طرح، بیمه‌ها هستند که از مزیت حذف دفترچه ها و کاهش پرداخت حقوق و دستمزد و کاهش قابل توجه پرسنل خود برخوردار می شوند اما در واقع و بزودی متوجه خواهند شد که چه مفاسدی در پس پرده این طرح به وقوع خواهد پیوست.
 
لذا به مسئولین محترم دلسوز توصیه می شود به درخواست مردم و مجریان طرح، تا عدم رفع مشکلات  اجرای اجباری این طرح را متوقف و پس از بسترسازی مناسب و به صورت داوطلبانه این طرح را به صورت گام به گام در یک پروسه زمانی مناسب اجرا کنید.